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陈国栋 — 硕士生导师

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  • 教师姓名:陈国栋

  • 职务:讲师

  • 教师拼音名称:CHEN GUODONG

  • 性别:男

  • 所在单位:生命科学学院

  • 学历:研究生(博士后)

  • 入职时间:2023-04-21

  • 学位:博士学位

  • 毕业院校:中国科学院大学

  • 在职信息:在职

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基于人工智能的蛋白质从头设计

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研究方向为基于人工智能的蛋白质从头设计,主要面向纳米抗体与结合蛋白(binder)的理性创制。技术路线以 RFdiffusion 从指定表位出发生成全新骨架,由 ProteinMPNN 完成序列设计,再用 BindCraft 以 AlphaFold2 为打分器做序列与界面的联合优化,并按界面 ipTM、界面 PAE、pLDDT 与形状互补性等指标多维过滤候选,形成“表位指定、骨架生成、序列设计、结构复核、实验验证”的设计流程。靶点选择侧重肿瘤与免疫炎症相关体系,以及难以通过动物免疫获得抗体的表位,包括高度保守位点、隐蔽表位与肽或小分子结合口袋;同时尝试利用实验室已有的鲨鱼 VNAR 序列资源对生成模型进行微调,把天然免疫库的序列偏好引入设计空间。设计产物经体外表达纯化后,用 SPR/BLI 测定亲和力与动力学常数,用 DSF/CD 评价热稳定性,并在细胞水平验证结合特异性与功能效应,使计算设计与湿实验验证衔接起来。计算条件为实验室自有 GPU 服务器,可在本地完成万级骨架的批量生成、AlphaFold2/3 大规模推理与模型微调,使“设计、筛选、复核”的迭代周期压缩到数天量级。


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