副教授，硕导。博士毕业于中南大学计算机学院，获2023年ACM中国“优秀博士论文奖”（全国2人入选）、2025年湖南省优秀博士学位论文。主持和参与国家自然科学基金、国家重点研发计划项目等多项，在Nature Communications、Bioinformatics等生物信息学领域权威期刊发表论文20余篇。现为ISMB China理事会理事、CCF生物信息学会BIO3NEW执行委员，湖南省生物信息学会医学生物信息学专委会委员，CCF B类国际会议BIBM23-26程序委员会成员，Nature Communications、Communications Biology、Bioinformatics等期刊审稿人。

【研究方向】三代长读数测序数据分析，主要利用人工智能、统计学理论和方法解决甲基化模式发现、基因组组装和基因组序列模式挖掘等问题。

【硕士招生】每年招收2-3名硕士研究生，本人对学生认真负责，团队有充足计算资源，会在学校政策允许范围内给予科研补助，欢迎对生物信息计算、人工智能感兴趣的同学与我联系（邮箱：nipeng@csu.edu.cn）。

代表性论文

1. Zheng Chen, Peng Ni*, Jianxin Wang. Identifying DNA methylation types and methylated base positions from bacteria using nanopore sequencing with multi-scale neural network. Bioinformatics 41, no. 8 (2025): btaf397. (通讯作者; SCI; JCR 1 区; IF=5.4)

2. Kang Hu^#, Peng Ni^#, Minghua Xu, You Zou, Jianye Chang, Xin Gao, Yaohang Li, Jue Ruan, Bin Hu*, Jianxin Wang*. HiTE: a fast and accurate dynamic boundary adjustment approach for full-length transposable element detection and annotation. Nature Communications 15 (2024): 5573. (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=14.7)

3. Fan Nie^#, Peng Ni^#, Neng Huang, Jun Zhang, Zhenyu Wang, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, Jianxin Wang*. De novo diploid genome assembly using long noisy reads. Nature Communications 15 (2024): 2964.  (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=14.7) 

4. Peng Ni^#, Fan Nie^#, Zeyu Zhong, Jinrui Xu, Neng Huang, Jun Zhang, Haochen Zhao, You Zou, Yuanfeng Huang, Jinchen Li, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. 

DNA 5-methylcytosine detection and methylation phasing using PacBio circular consensus sequencing. Nature Communications 14 (2023): 4054. (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=14.7) 

5. Peng Ni, Neng Huang, Fan Nie, Jun Zhang, Zhi Zhang, Bo Wu, Lu Bai, Wende Liu, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. Genome-wide detection of cytosine 

methylations in plant from Nanopore data using deep learning. Nature Communications 12 (2021): 5976. (SCI; Nature子刊；JCR 1 区; IF=14.7) 

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科研课题

1. 基于第三代测序数据的5mC甲基化修饰检测方法研究 (国家自然科学基金青年项目，主持)

2. 三代测序数据组装和模式挖掘基础理论与高效算法（国家自然科学基金重点项目，参与）

3. 复杂生物医学数据处理方法及应用研究（国家自然科学基金联合基金重点项目，参与）

4. 单倍型群体基因组组装及其疾病关联分析方法研究（国家自然科学基金专项项目，参与）

5. 生物数据深度挖掘与知识融合的智能系统研发与示范应用（国家重点研发计划项目，参与）

6. 高精度、高通量纳米孔测序系统研发（国家重点研发计划项目，项目骨干）