倪鹏

讲师 硕士生导师

所在单位：计算机学院

办公地点：计算机楼217

性别：男

联系方式：nipeng@csu.edu.cn

学位：工学博士学位

毕业院校：中南大学

学科：计算机科学与技术

    同专业硕导
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个人简介

倪鹏，硕士生导师。博士毕业于中南大学计算机学院，获2023年ACM中国“优秀博士论文奖”（全国2人入选）。主持和参与国家自然科学基金、国家重点研发计划项目等多项，在Nature Communications、Bioinformatics等生物信息学领域权威期刊发表论文多篇。现为CCF生物信息学会BIO3NEW执行委员，CCF B类国际会议BIBM23、BIBM24程序委员会成员，Nature Communications、Communications Biology、Bioinformatics等期刊审稿人。


【研究方向】三代长读数测序数据分析，主要利用人工智能、统计学理论和方法解决甲基化模式发现、基因组组装和基因组序列模式挖掘等问题。

【硕士招生】每年招收2-3名硕士研究生，本人对学生认真负责，团队有充足计算资源，会在学校政策允许范围内给予科研补助，欢迎对生物信息计算、人工智能感兴趣的同学与我联系（邮箱：nipeng@csu.edu.cn）。


代表性论文

1. Kang Hu#, Peng Ni#, Minghua Xu, You Zou, Jianye Chang, Xin Gao, Yaohang Li, Jue Ruan, Bin Hu*, Jianxin Wang*. HiTE: a fast and accurate dynamic boundary adjustment approach for full-length transposable element detection and annotation. Nature Communications 15 (2024): 5573. (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=14.7)

2. Fan Nie#, Peng Ni#, Neng Huang, Jun Zhang, Zhenyu Wang, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, Jianxin Wang*. De novo diploid genome assembly using long noisy reads. Nature Communications 15 (2024): 2964.  (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=16.6) 

3. Peng Ni#, Fan Nie#, Zeyu Zhong, Jinrui Xu, Neng Huang, Jun Zhang, Haochen Zhao, You Zou, Yuanfeng Huang, Jinchen Li, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. 

DNA 5-methylcytosine detection and methylation phasing using PacBio circular consensus sequencing. Nature Communications 14 (2023): 4054. (共同第一作者; Nature子刊；SCI; JCR 1 区; IF=16.6) 

4. Peng Ni, Neng Huang, Fan Nie, Jun Zhang, Zhi Zhang, Bo Wu, Lu Bai, Wende Liu, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. Genome-wide detection of cytosine 

methylations in plant from Nanopore data using deep learning. Nature Communications 12 (2021): 5976. (SCI; Nature子刊；JCR 1 区; IF=16.6) 

5. Peng Ni#, Neng Huang#, Zhi Zhang, De-Peng Wang, Fan Liang, Yu Miao, Chuan-Le Xiao*, Feng Luo*, and Jianxin Wang*. DeepSignal: detecting DNA methylation state 

from Nanopore sequencing reads using deep-learning. Bioinformatics 35, no. 22 (2019): 4586-4595. (共同第一作者; SCI; JCR 1 区; IF=6.937)

更多见谷歌主页https://scholar.google.com/citations?user=tltvcWMAAAAJ&hl=en 


参与科研课题

  1. 基于第三代测序数据的5mC甲基化修饰检测方法研究 (国家自然科学基金青年项目，主持)

  2. 三代测序数据组装和模式挖掘基础理论与高效算法（国家自然科学基金重点项目，参与）

  3. 复杂生物医学数据处理方法及应用研究（国家自然科学基金联合基金重点项目，参与）

  4. 单倍型群体基因组组装及其疾病关联分析方法研究（国家自然科学基金专项项目，参与）

  5. 生物数据深度挖掘与知识融合的智能系统研发与示范应用（国家重点研发计划项目，参与）

  6. 高精度、高通量纳米孔测序系统研发（国家重点研发计划项目，项目骨干）


教育经历

[1]   2017.9-2022.11

中南大学  |  计算机科学与技术  |  博士  |  博士研究生毕业

[2]   2014.9-2017.5

中南大学  |  计算机科学与技术  |  硕士  |  硕士研究生毕业

[3]   2010.9-2014.6

山东大学  |  计算机科学与技术  |  学士  |  大学本科毕业

工作经历

[1]   2023.1-至今

中南大学  |  计算机学院

研究方向

  • [1]  生物信息学