1. 主持承担中德国际(地区)合作与交流项目（NSFC-DFG）：“嗜酸原核微生物异化铁还原耦合的硫氧化反应机制及其与生物浸出及A MD形成的相关性研究”（51861135305，2019.1-2021.12）133万元
2. 主持承担国家自然科学基金重点课题：“矿山酸性废水中微生物-矿物相互作用与砷、汞甲基化研究”（41830318, 2019.1-2023.12）296万元（中南大学方主持）
3. 主持国家自然科学基金项目：“典型金属硫化矿表面化学形态与微结构及其与浸矿微生物界面作用机制的研究” （51774342，2018.1-2021.12）60 万元
4. 主持承担国家自然科学基金联合基金重点课题：“含砷复杂金矿细菌氧化矿物界面能及其作用机制的基础研究” （U1608254，2017.1-2020.12）250 万元 （中南大学方主持）
5. 主持国家自然科学基金项目：“基于生物浸出的典型嗜酸热古菌适应含硫底物和活化硫的分子机制研究”（No. 51274257；2013.1-2016.12）80万元
6. 主持国家自然科学基金项目：“基于同步辐射技术的典型浸矿菌-黄铜矿界面微环境及其作用过程的表征”（No.U1232103; 2013.1-2015.12）; 64万元
7. 主持国家自然科学基金项目：“基于生物浸出的硫形态转化及迁移机制的研究”（No. 50974140；2010.1-2012.12）；
8. 主持国家自然科学基金项目：“嗜酸硫杆菌消解元素硫的分子机制及其影响因素的研究”（No. 50674101，2007.1-2009.12）
9. 主持企业委托高新技术开发课题：“酶催化反应ATP再生光合作用系统研究”（No.2012007B038，2012.10-2014.10）（省科技厅技术开发No.12430101002301）；“典型生物质基酶法处理的微生物学基础研究”（No. 2012007H016, 2012.7-2014.6）(国家“863”项目(2011AA100804)部分工作) ；“柚苷酶和柠檬苦素酶高产菌株的选育”（NO. 2014007H009, 2014.4-2015.8） “脱柑橘囊衣酶高产菌株的选育”（No. H201512160560001, 2015.3-2016.2） “柑橘精油的提取及萜烯定量转化萜烯醇的研究”(No. H201512160560002, 2015.3-2016.2)
10. 主持教育部博士点基金项目：“嗜酸硫杆菌胞外巯基蛋白活化元素硫的分子机制研究”（20090162110054，2010.1-2012.12）
11. 主持教育部和中南大学知识和技术创新课题：“工业烟气高效转化与油藻培育的基础研究”（2011-2013）；“微藻生物柴油的基础研究”（2007-2010）；“生物高聚物的基础与应用研究”（2002-2003）；“仿生蛋白在纳米粒子制备中的介导原理与应用”（2002-2003）
12. 主持北京同步辐射国家实验室开放科研重点课题 “极端嗜热菌浸出黄铜矿过程中硫形态转化研究” （VR-09157）;" 典型浸矿菌浸出黄铜矿过程中界面硫铁铜形态转化研究"（VR-12419）
13. 主持上海光源工程国家实验室开放科研重点课题 “嗜热浸矿菌-黄铜矿界面作用的显微表征”（Z13sr0026）; “微生物-矿物作用的原位显微表征” ( Z15sr0024）
14. 主持教育部优秀青年教师资助计划项目：“浸矿环境因素对复合铜矿生物浸出微生物菌落和生理的影响”（2001-1932）
15. 主持教育部留学人员基金资助项目：“蓝细菌生物吸附剂的制备及其工业应用”（2001）