陈超

生物信息学常用数据库

发布时间：2020-04-25

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整理人：李津臣，夏燕

一、表达相关的数据库   

    脑表达数据库：

        HBT：http://hbatlas.org/

        Allen brain atlas：http://www.brain-map.org/

        BrainSpan：http://www.brainspan.org/

        NPdenovo：http://122.228.158.106/NPdenovo/

     其他方面：

        Eurexpress：http://www.eurexpress.org/ee/

        GTEx：http://www.gtexportal.org/home/

        FlyBase： http://flybase.org/

二、疾病与表型数据库   

    •所有疾病/表型：

        HGMD：http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

        ClinVar：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

        OMIM：http://www.omim.org/

        MGI：http://www.informatics.jax.org/

        FlyBase： http://flybase.org/

    •孤独症：

        AutismKB：http://autismkb.cbi.pku.edu.cn/

        SFARI Gene：https://gene.sfari.org/autdb/Welcome.do

        NPdenovo：http://122.228.158.106/NPdenovo/

    •眼科       

        RetinoGenetics：http://122.228.158.106/RetinoGenetics/

三、PPI 数据库  

         Biogrid： http://thebiogrid.org/

    PrePPI：http://bhapp.c2b2.columbia.edu/PrePPI

    STRING: http://string-db.org/

四、突变数据库

    The Exome Aggregation Consortium：http://exac.broadinstitute.org/about

    ESP6500： http://evs.gs.washington.edu/

    dbSNP： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

    1000G： http://www.1000genomes.org/

五、其他重要数据库    

    NCBI：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

    GeneCard：http://www.genecards.org/

    UniProtKB：http://www.uniprot.org/help/uniprotkb

    UCSC：http://genome.ucsc.edu/

    ENCODE：http://genome.ucsc.edu/ENCODE/