gwasfilter：用于筛选全基因组关联研究的R脚本
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- DOI码：10.3760/cma.j.cn112338-20200731-01003
- 发表刊物：中华流行病学杂志
- 摘要：目的：开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究（GWAS）的R脚本。
方法：参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法，2名程序员共同撰写R脚本（gwasfilter.R）后，由他人多次对脚本进行测试。
结果：采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数，可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时，程序用时不超过1秒。
结论：gwasfilter.R操作简便，筛选过程高效而标准化，可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址：https://github.com/lab319/gwas_filter。
- 备注：共同第一作者（1/2）
- 论文类型：期刊论文
- 文献类型：J
- 卷号：42
- 期号：10
- 页面范围：1876-1881
- 是否译文：否
- 发表时间：2021-10-10
- 发布期刊链接：http://chinaepi.icdc.cn/zhlxbx/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20211023&flag=1
