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Homegwasfilter：用于筛选全基因组关联研究的R脚本
Release time:2026-02-28
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- DOI number:
- 10.3760/cma.j.cn112338-20200731-01003
- Journal:
- 中华流行病学杂志
- Abstract:
- 目的：开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究（GWAS）的R脚本。 方法：参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法，2名程序员共同撰写R脚本（gwasfilter.R）后，由他人多次对脚本进行测试。 结果：采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数，可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时，程序用时不超过1秒。 结论：gwasfilter.R操作简便，筛选过程高效而标准化，可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址：https://github.com/lab319/gwas_filter。
- Note:
- 共同第一作者（1/2）
- Indexed by:
- Journal paper
- Document Type:
- J
- Volume:
- 42
- Issue:
- 10
- Page Number:
- 1876-1881
- Translation or Not:
- no
- Date of Publication:
- 2021-10-10
- Links to published journals:
- http://chinaepi.icdc.cn/zhlxbx/ch/reader/view_abstract.aspx?file_no=20211023&flag=1