DOI number:10.3760/cma.j.cn112338-20200731-01003
Journal:中华流行病学杂志
Abstract:目的：开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究（GWAS）的R脚本。 方法：参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法，2名程序员共同撰写R脚本（gwasfilter.R）后，由他人多次对脚本进行测试。 结果：采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数，可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时，程序用时不超过1秒。 结论：gwasfilter.R操作简便，筛选过程高效而标准化，可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址：https://github.com/lab319/gwas_filter。
Note:共同第一作者（1/2）
Indexed by:Journal paper
Document Type:J
Volume:42
Issue:10
Page Number:1876-1881
Translation or Not:no
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